水垢是一种热阻很大的物质，当其厚度超过1mm时，散热器的性能就会大大降低。因此，必须定期清除冷却系统中的水垢。
清除水垢常用的清洗剂有两种，一种是在5000g水中加入750g苛性钠和250g煤油；另一种是在5000g水中加入1000g苏打粉和500g煤油，清洗剂的用量应根据冷却水量而定。其除垢步骤为：
1.发动机在正常工作温度下熄火，立即放净冷却水(有节温器的应卸掉节温器)，将清洗剂加入冷却系统。
2.启动发动机，中速运转5～10分钟，期间可改变几次转速，以改变清洗剂的流速，冲掉系统中的沉积物。然后熄火静置10～12小时，使清洗剂充分与水垢进行反应。
3.重新启动发动机，中速运转5～10分钟后熄火，趁热放掉清洗剂。
4.换入清洁水继续清洗二三次，直至放出的水无污物时为止。
5.装复节温器，除垢即告结束。